מרכז מלטון מארגן מדי שנה כנס שעוסק בנושאים שונים המצויים בתחומי התמחותו של המרכז. כנסים אלה מאפשרים אינטראקציה ודיונים פוריים עם האנשים המובילים בתחום, ומעניקים את האפשרות להתעדכן בממצאים ובחידושים בזירות שונות.
הכנסים משמשים כבמה, מקומית ובין-לאומית, להצגת המחקרים החדשים ביותר, ועוסקים בשאלות ובדאגות מתוך קשת רחבה של נושאים בחינוך היהודי.